Neste quadro, a Organização Militar tem maior controlo dos Cadetes na sua formação deontológica de formação militar e também a preparação dos militares do Batalhão de Comando e Serviço de guarda e guarnição. Essa direcção controla também os órgãos de logística de refeitórios, messes, armazéns, conjuntura de fornecimento de alimentação para benefício do efectivo do ISTM.

A instrução militar no ISTM e a preparação militar são distintos. A instituição como forma engenheiros e médicos e o Cadete como já vem com a sua formação básica do Exército ou do Estado Maior General, o ISTM começa a dar formação para comandante de pelotão e de companhia que é a formação militar dos Oficiais, pois tão logo termine a sua formação académica esteja vocacionado para comandar um pelotão ou mesmo uma companhia e preparar-se depois para fazer o curso de promoção de Capitão.